尽管关键词广告具有很多独特的优点，但在实际应用中不可避免地存在一些问题，有些问题甚至对搜索引擎营销市场的发展造成一定的影响。这其中既有关键词广告模式本身的缺陷，也有用户专业经验方面的制约，还包括竞争环境不够规范的因素带来的问题，归纳起来，搜索引擎关键词广告应用中的问题表现在下列几个方面：无效点击问题、广告信息对用户的误导、广告投放和管理需要专业知识、每次点击价格上涨消弱了关键词广告的优势。
1.关键词广告中无效点击比例过高
无效点击时搜索引擎广告中最突出的问题之一。无效点击包括恶意点击和非目标用户的无意点击。
恶意点击有几种原因：第一种原因是竞争者所为，目的是消耗完对手的预算费用后广告不再显示，以获得自己的广告排名上升;第二种原因是来自搜索引擎广告联盟网站，他们为了获得每次点击的广告佣金而自己实施广告点击行为;第三种原因则可能来自搜索引擎营销代理服务商，由于部分搜索引擎竞价排名服务商给代理商的佣金来自用户所投入的费用，用户的竞价排名广告被点击越多，服务商可以获得更多的收益。关键词每次点击价格越高则点击欺诈越严重，而且通过搜索引擎*商投放的广告点击率比用户直接投放广告明显更高一些。
总之，恶意点击提高了广告用户无效投入的成本，使得企业蒙受经济损失，甚至失去对竞价排名推广模式的信任，也引起了一些因搜索引擎广告带来的法律纠纷。
用户的无意点击造成的无效点击，则主要因为竞价排名信息与用户期望的信息不一致所造成。比如用户希望获取关于数码相机的知识而非打算购买产品，但在检索结果前列的是数码相机厂商的推广信息，用户点击之后并没有获得自己期望的信息，但厂家也要为这样的点击付费。
据国外专业媒体报道，恶意点击通常使用一些被hitbot的软件自动点击广告，现在，投放各类搜索引擎竞价排名服务商都表示，会采取相应的技术手段识别，对于这些恶意点击将不会收取用户的费用。但实际上要完全排除恶意点击时不太可能的。而对于用户无意点击造成的无效点击，可以合理推测，是没有办法杜绝的，而且竞价排名信息越是靠前，这种无效点击的比例就可能更大。
2.广告信息与自然检索结果可能对用户获取信息产生误导
对于网络营销专业人士而言，识别搜索引擎自然检索结果和关键词广告信息并不能。但对于大多数互联网用户而言，可能并不清楚两者的区别。这是搜索引擎营销中值得注意的一个现象。
由于搜索引擎服务商在搜索结果中将付费网站的信息排名靠前，或者用其他不合理的方式使用户难以分辨自然搜索结果与付费广告的区别，从而对用户形成信息误导，美观非盈利性机构《消费者报告》曾向用户提出八点建议，提醒用户采用必要的措施尽可能减少这种信息误导所产生的影响。这些建议包括:通过对比选择值得信任的搜索引擎，不要仅依靠一个搜索引擎，不要只关注第一页的搜索结果，仔细辨识搜索引擎关于付费结果的文字说明等。
如果搜索引擎服务商在这些问题上不能自律，会有更多用户对竞价排名信息产生不信任感，这样对于竞价排名模式的长期发展将产生不利影响。不过广告信息与自然检索结果可能对用户获取信息产生误导的现象至今并没有得到显著改善。对于投放搜索引擎广告而言，也可能是好消息，可以利用一般用户的行为特点，设计更受用户关注的广告信心，而不仅仅是枯燥的产品介绍之类的推广文字。根据中国互联网信息中心(CNNIC)对中国搜索引擎市场所作的调查显示：能分辨正常检索信息和竞价排名搜索结果的互联网用户仅占5.1%。这意味着将近95%的用户在浏览和点击检索结果时是不区分是否含有广告内容的，只要信息与自己需求相关，就可能引起点击行为的发生。
3.专业的搜索引擎关键词广告投放和管理并非易事
尽管关键词广告推广信息看起来并不复杂，无非是简单的标题和摘要信息，但实际上真正有效的竞价排名广告并不是表面看到的这么简单。因为除了推广信息的设计之外，还包括关键词的选择(即用户通过哪些关键词检索时期望自己的广告信息能出现在搜索结果页面)、关键词管理、预算设置、每次点击费用的选择、对广告展示和点击情况的统计分析等。在这些内容中，通常需要拥有丰富的经验才能处理好每个环节。例如对于关键词的选择，由于用户检索行为非常分散，不容易完全把握用户的行为特征，不仅要对用户检索习惯进行研究，同时还需要分析竞争对手的情况，这些工作对初次接触竞价排名推广模式的市场人员还是有一定的难度。对于关键词管理和效果分析则可能需要更多的经验和专业知识。
4.关键词广告每次点击费用不断上涨
由于越来越多的企业加入到搜索引擎广告推广的行列，为了在有效的展示空间获得用户尽可能高的关注，许多企业纷纷采用增加每次点击费用的方式期望获得好的排名，这使搜索引擎竞价排名费用不断上涨。竞价排名营销模式的低成本优势是相对的，实际上，有些热门关键词每次点击价格非常高昂，已经到了不可思议的地步。这种天价广告是否能获得合理的投资收益率还是一个很大的疑问。可见，随着竞价排名竞争的激烈，尤其是一些营销预算雄厚的大公司加入到这个行列之后，竞价排名推广的低成本优势将逐渐消失，这对大量中小企业建设营销网站来说不是好的信号。
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